複数の店舗を経営しているときは、店舗ごとに申請して登録番号をもらうのですか?

店舗ごとに登録番号をもらう必要はありません。

インボイス発行事業者の登録は、事業者ごとに登録し、番号が割り当てられるので、複数の店舗を経営していても、番号は1つです。